Zasada działania przydomowych oczyszczalni ścieków opiera się na dwuetapowym oczyszczaniu ścieków bytowych. W pierwszym etapie mamy do czynienia z podczyszczaniem ścieków, w którym następuje usuwanie substancji nierozpuszczalnych w wodzie. W procesie tym biorą udział bakterie beztlenowe, dzięki którym w osadniku gnilnym dochodzi do automatycznego oddzielenia substancji lekkich (oleje i tłuszcze) od substancji ciężkich. Te ostatnie w wyniku opadania gromadzą się na dnie zbiornika w postaci osadu. Osad ten ulega fermentacji w wyniku, czego mamy do czynienia z rozkładem na substancje mineralne rozpuszczalne i nierozpuszczalne. W ten sposób wstępnie podczyszczone ścieki przepływają przez specjalny kosz z filtrem będący elementem zbiornika oczyszczalni, a następnie trafiają do drenażu rozsączającego, w którym poddawane są kolejnemu etapowi oczyszczania wykorzystującym do tego celu tlen.
W tym procesje główną rolę odgrywają bakterie, dla którym ścieki stanowią swoistego rodzaju pokarm. Prawidłowo dobrany osadnik gnilny oraz rodzaj drenażu rozsączającego przy zastosowaniu oczyszczalni biologicznych pozwala na odpowiednie oczyszczenie ścieków wynoszących ok. 60 %. W drugim etapie za sprawą drenażu rozsączającego, złoża filtracyjnego lub biologicznego ścieki są oczyszczane nawet w 98 %. Aby proces oczyszczalnia był skuteczny, musi wynosić minimum trzy dni, dlatego bardzo ważnym czynnikiem jest odpowiedni dobór wielkości przydomowej czyszczalni ścieków. Wielkość zbiornika uzależniona jest ścisłe od osób znajdujących się w danym gospodarstwie domowym jak również od dziennego wykorzystania wody.